Прошло несколько лет с тех пор, как крольчиха Джуди Хоппс и лис Ник Уайлд стали первым в истории дуэтом полицейских из хищника и травоядного. Зверополис процветает как символ единства, но под поверхностью всё ещё тлеют старые предрассудки.
Тишину нарушает появление в городе загадочной рептилии — существа, которое не является ни млекопитающим, ни птицей в привычном понимании города. Его прибытие вызывает волну странных происшествий и социальной напряжённости. Кто-то видит в нём угрозу древних инстинктов, кто-то — ключ к новым открытиям.
Чтобы раскрыть это деликатное дело, не вызывая паники, начальник полиции Бого даёт Джуди и Нику особое задание: работать под прикрытием. Их временно разделяют. Джуди, благодаря своему умению вписываться в любую среду, внедряется в элитный район Сахара-Сквер, где вращаются большие деньги и политика, связанные с новым гостем. Ник, используя свои уличные связи и хитрость, уходит в тени Райн-Форест-Дистрикт, где находят пристанище все, кто хочет остаться незамеченным.
Им приходится действовать в одиночку, поддерживая связь лишь тайком. Каждый на своей стороне находит часть пазла: Джуди раскрывает корпоративные заговоры вокруг рептилии, а Ник выходит на след контрабандистов, которые хотят использовать древнее существо в своих целях.
Их расследование приведёт к разгадке тайны, которая ставит под вопрос саму историю Зверополиса и происхождения разных видов. Чтобы спасти город от нового раскола, Джуди и Нику снова предстоит доказать, что сила — в их дружбе и умении видеть не ярлыки, а личность, даже если она покрыта чешуёй. Это история о том, что значит быть семьёй в огромном мире, где всегда найдётся место для того, кто не похож на других.