В центре сюжета сериала "Аллигатор" разворачивается захватывающая история, действие которой происходит в 1941 году в Алма-Ате. С началом Великой Отечественной войны этот тихий город превращается в важнейший промышленный центр — здесь размещаются десятки эвакуированных заводов и фабрик, на которых начинается производство вооружений для нужд фронта.
Однако вместе с предприятиями в город прибывают не только рабочие и специалисты, но и криминальные элементы со всех уголков страны. Постепенно Алма-Ата становится настоящей столицей преступного мира СССР. На фоне напряженной обстановки осложняется и международная ситуация: германские шпионы стремятся дестабилизировать тыл, внедряясь в работу оборонных предприятий.
Для противостояния растущему криминалу и шпионской активности из Москвы направляют опытного контрразведчика майора Бориса Старикова и его мудрого наставника капитана Вадима Турчина. Им предстоит разобраться в сложной системе преступных связей, найти предателей и защитить стратегически важные объекты.
Местное население и эвакуированные жители оказываются заложниками не только военного времени, но и опасных игр бандитских группировок и иностранных агентов. В этих условиях Старикову и Турчину придется не только проявить профессионализм, но и пойти на хитроумные уловки, чтобы сохранить порядок и безопасность города, ставшего ключевым звеном в обеспечении Победы.
Сериал погружает зрителя в атмосферу военного времени, где каждый день приносит новые испытания, а линия между добром и злом оказывается тоньше, чем кажется на первый взгляд.